Các ban ngành nội bộ

• Ban hành chính (Ban tài vụ)
• Ban chính sách, pháp luật và kế hoạch
• Ban quản lý khu vực biển
• Ban bảo vệ môi trường Hải dương
• Ban khoa học và công nghệ
• Ban hợp tác quốc tế
• Phòng tổ chức
• Đảng ủy Cục
• Cơ quan Thanh tra

Các ban ngành trực thuộc

• Trụ sở Giám sát hải dương Trung Quốc (Bắc Kinh)
• Chi nhánh Bắc Hải (Thanh Đảo)
• Chi nhánh Đông Hải (Thượng Hải)
• Chi nhánh Nam Hải (Quảng Châu)
• Cơ quan Thông tin và Số liệu Hải dương Quốc gia (Thiên Tân)
• Trung tâm kiểm tra môi trường Hải dương Quốc gia (Đại Liên)
• Trung tâm dự bảo môi trường Hải dương Quốc gia (Bắc Kinh)
• Trung tâm ứng dụng công nghệ vệ tinh vào Đại dương (Bắc Kinh)
• Học viện Công nghệ Đại dương (Thiên Tân)
• Trung tâm tiêu chuẩn và đo lượng Hải dương học Quốc gia (Thiên Tân)
• Học viện nghiên cứu địa cực Trung Quốc (Thượng Hải)
• Trung tâm nghiên cứu và phát triển công nghệ xử lý nước (Hàng Châu)
• Viện Hải dương học số 1 (Thanh Đảo)
• Viện Hải dương học số 2 (Hàng Châu)
• Viện Hải dương học số 3 (Hạ Môn)
• Viện lọc và ứng dụng các chức năng của nước biển (Thiên Tân)
• Viện chiến lược phát triển Đại dương (Bắc Kinh)
• Trung tâm tư vấn dịch vụ Hàng hải (Bắc Kinh)
• Văn phòng Thám hiểm Địa cực (Bắc Kinh)
• Văn phòng Nghiên cứu tài nguyên khoáng sản Đại dương và Hợp tác phát triển (Bắc Kinh)
• Thông tấn xã Đại dương Trung Quốc (Bắc Kinh)
• Văn phòng cán bộ hưu trí và cán bộ kỳ cựu (Bắc Kinh)
• Trung tâm dịch vụ của trụ sở Cục (Bắc Kinh)
• Trung tâm Giáo dục đào tạo Hải dương Bắc Kinh (Bắc Kinh)